جنگ تحمیلی پایان یافت. چندی پس از آن بنیانگذار جمهوری اسلامی نیز رحلت کرد.
شرایط جدید سیاسی فراهم آمده در سال‌های بعد، فرصت را برای یک جناح اکثریت  سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی که بیش از 5 سال بود که انحلال آن توسط امام راحل اعلام شده بود، مجدداً مهیا کرد تا به عرصه سیاسی بازگردد.

گروه اندکی از میان اعضای سابق سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی درخواستی را به کمیسیون ماده 10 احزاب وزارت کشور ارائه کردند و با موافقت این کمیسیون فعالیت خود را از 10 مهرماه سال 1370 دوباره آغاز کردند. نشریه «عصرما» دو هفته یک‌بار منتشر می‌شد و مواضع سازمان جدید را بیان می‌کرد؛سازمانی که اعضای آن نه به گستردگی سابق و البته برخوردار از آرای منسجم بودند. اما بازخوانی پرونده سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی و دلایل انحلال آن در سال 1365  کمتر مورد توجه قرار می‌گیرد.

با تاکید امام بر وحدت گروه‌های مبارز در مهرماه سال 1357، تنها چند ماه پس از پیروزی انقلاب اسلامی ‌ 7گروه در هفتم فروردین 1358، با صدور بیانیه‌ای ذیل نام جدید سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی اعلام موجودیت کردند.در کنار فعالیت‌های متنوع سیاسی، نظامی و امنیتی اعضای سازمان که بخش گسترده‌ای از آن غیرعلنی و نیمه‌مخفی بود، فقدان انسجام لازم فکری برای ایجاد یک تشکل سیاسی میان اعضای گروه‌های هفت‌گانه تشکیل‌دهنده، موجب شد تا از همان روزهای اولیه، جرقه اختلافات بلافاصله پس از تشکیل سازمان‌ زده شود؛ البته فضای ملتهب و غیرعادی سال‌های اول دهه 60 از بروز این اختلافات در سطح جامعه جلوگیری کرد.

آغاز اختلافات

اولین جرقه اختلافات در سازمان، یک ماه پس از اعلام موجودیت یعنی یازدهم اردیبهشت ماه 1358 به هنگام تصمیم‌گیری برای انتشار اطلاعیه‌ای به مناسبت روزکارگر زده شد. عده‌ای از اعضای سازمان هر نوع توجه به کارگر را ملهم از اندیشه‌های مارکسیستی و در نتیجه نوعی التقاط می‌دانستند. اما عمده‌ترین اختلافی که بحث‌های فراوانی را برانگیخت، موضوع بزرگداشت دکتر علی‌شریعتی بود. ماجرا از این قرار بود که گروهی پیشنهاد انتشار اطلاعیه‌ای به مناسبت سالگرد درگذشت شریعتی ارائه کردند. زمستان سال 1358 این موضوع مطرح می‌شود. گروهی 4 نفره شامل بهزاد نبوی، مرتضی الویری، ساجدی و پروین نزد امام می‌روند تا نظر ایشان را در این‌باره جویا شوند.

شرح این جلسه هیچ‌گاه بازگو نمی‌شود اما یکی از اعضای حاضر در این جلسه (ساجدی) سخنان امام را حول 2 محور می‌‌داند. نخست اینکه یک‌سری مسائل هست که اختلافی است و موجب اختلاف بین مردم می‌شود و به وحدت مردم ضربه می‌زند، دوم اینکه من (امام خمینی) ورود به مسائل اختلافی را حرام می‌دانم. ظاهرا امام اظهارنظر صریحی درباره اطلاعیه دادن یا ندادن نمی‌کنند هرچند که ساجدی و پروین که از حاضران در این جلسه هستند براین باورند که امام بزرگداشت شریعتی را از مسائل اختلافی دانسته و بالتبع حرام می‌دانسته  اما در نهایت بهزاد نبوی و همفکرانش بیانیه‌ای را در سالگرد درگذشت دکتر شریعتی صادر می‌کنند.